Yayasan Al-Jauharotunnaqiyyah Cibeber didirikan pada tahun 1924 M. Pada awalnya Yayasan Al-Jauharotunnaqiyyah Cibeber bernama " Roudlotul Athfal", sejalannya waktu berubah menjadi Madrasah Al-Jauharotunnaqiyyah Cibeber. dan sekitar tahun 80-an disebabkan oleh peraturan pemerintah dan untuk menunjang KBM dan PBM agar alumni Madrasah Al-Jauharotunnaqiyyah Cibeber dapat diakui dan disetarakan dengan pendidikan dengan jenjang yang sama. Maka, Madrasah Al-Jauharotunnaqiyyah Cibeber didaftarkan pemerintah dan berganti nama menjadi Yayasan Al-Jauharotunnaqiyyah Cibeber.
Yayasan Al-Jauharotunnaqiyyah Cibeber menaungi ratusan cabang yang tersebar dibeberapa lokasi. Sementara untuk di pusat Cibeber. Yayasan menaungi Madrasah Diniyah/Ibtidaiyah, Madrasah Tsanawiyah, dan Madrasah Aliyah.
Madrasah Aliyah Al-Jauharotunnaqiyyah Cibeber yang berlokasi di sebelah Barat, saat ini di pimpin oleh Prof. DR. KH. Tb. M. Junus Ghozali.
Adapun siswa Madrasah Aliyah Al-Jauharotunnaqiyyah Cibeber hampir berjumlah 400 orang siswa yang berasal dari berbagai daerah. Sebagian besar siswa Madrasah Aliyah Al-Jauharotunnaqiyyah Cibeber adalah penduduk sekitar wilayah Cilegon dan Serang.
Lokasi Madrasah Aliyah yang sangat strategis memiliki 11 ruang kelas dengan menyelenggarakan 2 kelas peminatan yaitu, Peminatan Ilmu Pengetahuan Sosial dan Ilmu Keagamaan (Islam).
Pendidikan di Madrasah Aliyah Al-Jauharotunnaqiyyah Cibeber memadukan pendidikan kitab kuning dan pelajaran umum. Sementara mata pelajaran unggulan di Madrasah Aliyah Al-Jauharotunnaqiyyah Cibeber adalah ilmu Falak (astronomi) dan Nahwu/Shorof.
